Paddington staat te popelen om zijn tante Lucy te gaan bezoeken in zijn geboorteland Peru. Lucy runt er een tehuis voor gepensioneerde beren die niet meer zo goed te been zijn. Wanneer Paddington aankomt in Peru staat er een spannend en onverwacht avontuur op hem te wachten dat hem naar de diepste en meest mysterieuze plekken in het Amazoneregenwoud en de hoogste, gevaarlijkste bergtoppen van Peru zal brengen.