Kubo is een krak in verhalen vertellen. Wanneer hij per ongeluk een geest uit het verleden oproept die wraak wil nemen op zijn familie, moet hij op de vlucht. Samen met Aap en Boktor probeert hij het mysterie op te lossen van zijn overleden vader, de beste samurai die ooit heeft geleefd. Gewapend met een magisch muzikaal instrument moet Kubo het opnemen tegen goden en monsters, zoals de vijandige Maankoning en de boze Tweelingzussen.